L'église conserve un portail gothique avec un tympan et un bandeau d'imposte couverts de sculptures (représentation de l'enfer et du paradis ; Christ entre deux saints). L'intérieur a complètement été refait au 18e siècle. Sous le choeur se trouve une vaste crypte datant sans doute du 9e ou du 10e siècle. La crypte conserve deux petits réduits souterrains où étaient placés, pendant neuf jours, les fous que Sainte-Quitterie devait guérir. Face à l'abside de cette crypte se trouve un sarcophage chrétien couvert de bas-reliefs, supposé être le tombeau de la sainte, martyrisée à Aire-sur-Adour. Arcades byzantines avec colonnes à chapiteaux historiés. L'église a longtemps servi de cathédrale.
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