L' église comprend une nef à deux-bas côtés, un transept et un choeur avec abside, déambulatoire et chapelles rayonnantes. La nef, le transept et le choeur sont couverts de voûtes en berceau brisé, les bas-côtés et le déambulatoire de voûtes d' arêtes, le porche, l' abside, les chapelles, le cloître et la salle capitulaire de voûtes d' ogives, la chapelle Bouton d' un plafond. A gauche du choeur se trouve l' ancienne sacristie, à droite, à l' étage, l' ancienne chapelle Saint-Michel (oratoire privé du cardinal Rolin) dont l' abside, éclairée par une fenêtre plein-cintre, est supportée par un cul-de-lampe et couverte d' une terrasse bordée d' une balustrade. Un couloir permettait la communication avec le bâtiment canonial. Le portail du bras droit du transept ouvre sur une galerie de cloître à 7 travées que surmonte une partie des anciens bâtiments canoniaux, actuellement presbytère.
Les chanoines entreprirent de faire bâtir l' édifice au milieu du 12e et la construction, d' est en ouest, ne s' acheva qu' au début du 13e s. Les bâtiments canoniaux datent de la fin du 12e s., le porche du milieu du 13e s. Après l' incendie de 1272, des travaux furent entrepris ; les parties hautes de l' abside furent reconstruites au niveau de l' arcature aveugle : les fenêtres romanes furent remplacées par d' immenses fenêtres gothiques à remplages et des arcs-boutants établis sur les contreforts romans du déambulatoire ; les corniches et les fenêtres du déambulatoire furent remaniées, les toitures et la tour du transept modifiées. Les chapelles furent ajoutées du 13e au 16e siècle ; les plus remarquables sont la chapelle Saint-Léger ornée de peintures murales et la chapelle Bouton datée 1530. La flèche gothique de l' église fut remplacée par un toit à l' impériale construit de 1580 à 1588, sur les plans d' Hugues Sambin. En 1844, Viollet-le-Duc établit un devis de restauration ; les travaux furent exécutés à partir de 1860 sous la direction de M. Ouradou, l' architecte beaunois A. Forest étant inspecteur des travaux.
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