Les chevaliers de Saint Jean de Jérusalem était présents à Castelsarrasin, dés le début du 12e siècle, période à laquelle l'église, auparavant hors de la ville, fut transféré dans la ville, et devint seconde église paroissial.
L'église est reconstruite en 1560, pour le grand prieur de Toulouse, Pierre de Trébons, elle comprend des vitraux réalisés par L.V Gesta de Toulouse et des peintures murales de Gaillard Lala datant de 1925.
L'édifice est construit en briques, il est sur un plan allongé, comprend 3 vaisseaux, une voûte d'ogives, une croupe, une flèche en maçonnerie, un abside polygonale, et un clocher tour, le tout recouvert d'une toiture de tuiles creuses.
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