Enceinte de la ville confondue avec la basse-cour du château fort au début du moyen âge ; pas de renseignements précis sur les fortifications, jusqu' à ce qu' elles soient reconstruites sous le règne de Jean-sans-Peur au début du 15e siècle ; restaurée et complétée pendant un siècle et demi, l' enceinte comprenait 12 tours en 1550, dernière tour construite en 1542 ; en 1551, le système fortifié est complètement réaménagé sur ordre de Charles Quint par l' ingénieur Ambrogio Précipiano ; l' enceinte pourvue de 7 bastions est achevée en 1587 ; en 1632, restaurations et réaménagement confiés à l' ingénieur Jean Maurice Tissot : un nouveau bastion est construit sur la rive droite de la Saône pour la protection de l' entrée du pont ; lors de la 1ère conquête de la Franche-Comté par Louis XIV en 1668, Louvois donne l' ordre de démolir les remparts, qui ne seront qu' à moitié détruits ; après 1674, 2e conquête, ils sont définitivement rasés ; les derniers éléments de la fortification ont disparu aux 18e et 19e siècles : destruction en 1797 de la porte haute, en 1824 de la porte basse, en 1848 des restes de rempart sur la rive gauche de la Saône
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