Les troubles de la Réforme entraînèrent la destruction de la chartreuse de Strasbourg-Koenigshoffen en 1591 ; les moines se réfugient alors à Molsheim, devenue un centre actif de la Contre-Réforme. Ils y édifient une nouvelle chartreuse aux 17e et 18e siècles. On y trouve le cloître et les cellules des moines regroupés autour de l'église (démolie sauf les fondations) , la maison du prieur et les dépendances temporelles (actuel hôpital). Les maisons des chartreux ont été transformées, mais le plan d'ensemble subsiste très clairement.
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